吉林省长春铁路运输中级法院是国家审判机关，依法独立行使审判权，并监督下级铁路法院的审判工作，其主要职责是：
（一）依法审理法律规定由吉林省长春铁路运输中级法院管辖的和其认为应由自己审判的刑事、民事等一审案件。
（二）依法审理法律规定由吉林省长春铁路运输中级法院管辖的刑事、民事等二审案件；依法审理应由吉林省长春铁路运输中级法院管辖的申诉和申请再审案件。
（三）依法提审基层铁路法院管辖的一审刑事、民事案件。
（四）依法审理法律规定应由吉林省长春铁路运输中级法院管辖的减刑案件和假释案件。
（五）依法审理上级法院指令吉林省长春铁路运输中级法院审理的刑事、民事案件。
（六）依法受理基层铁路法院生效裁判的各类申诉和再审申请，对其中确有错误的，提审或指令基层铁路法院再审。
（七）依法审理由人民检察院按照审判监督程序提出的抗诉案件。
（八）依法对基层铁路法院行使指定管辖权。
（九）依法监督基层铁路法院的审判工作。
（十）调查研究审判工作中的法律、政策及疑难问题，总结审判工作经验；针对案件审理中发现的问题提出司法建议。
（十一）依法行使司法执行权和司法决定权，领导全省铁路法院的执行工作。
（十二）依法审理国家赔偿案件。
（十三）负责司法警察警务工作；领导全省铁路法院司法警察工作。
（十四）领导全省铁路法院的监察工作。
（十五）负责全省铁路法院系统的法制宣传工作；按照权限管理法官、书记员、司法警察及司法行政人员；协助机构编制部门管理基层铁路法院的机构编制工作。
（十六）承办其他应由吉林省长春铁路运输中级法院负责的工作。
吉林省长春铁路运输中级法院内设机构及职能如下：
（一）办公室
协助院领导组织、协调、处理司法公务。负责院务会和院长办公室等重要会议的组织安排及决定事项的督办；负责人大代表、政协委员的联络工作，并督办全省人大代表建议和政协委员提案；起草重要文件、院长讲话等文稿；负责文秘、机要、保密、信息、接待、档案等工作；负责院志编撰和修改工作；指导法官协会工作。
（二）政治部
负责全省铁路法院的思想政治工作和教育培训工作；负责全省铁路法院系统的新闻宣传和记功奖励工作；协助编制部门管理全省铁路法院机构编制；负责初任法官审查和呈报工作；办理法官考评委员会会议决定事项；负责书记员管理工作；负责吉林省长春铁路运输中级法院机关的干部人事管理工作；负责吉林省长春铁路运输中级法院机关离退休干部管理工作和岗位责任制考评工作。
负责案件登记、审查立案和庭前准备工作；负责民事申请再审案件的审查立案工作；受理涉诉信访案件。
（四）刑事审判庭
依法审理应由吉林省长春铁路运输中级法院管辖的危害国家安全案件、恐怖活动犯罪案件、可能判处无期死刑的普通刑事案件。外国人犯罪案件；辖区内有重大影响的犯罪案件；基层铁路法院报请提高审级案件；依法审理不服基层铁路法院一审刑事判决、裁定的上诉案件以及检察院抗诉的案件；监督、指导基层铁路法院开展少年犯罪案件的审判工作；监督指导基层铁路法院的刑事审判工作。
（五）民事审判庭
依法审理应由吉林省长春铁路运输中级法院管辖的第一、二审相关财产权和公民之间、公民与法人之间劳动争议、债务、房地产及相关合同等的纠纷案件；指导人民法庭工作；监督、指导基层铁路法院上述民事案件的审判工作；依法审理应由吉林省长春铁路运输中级法院审理的第二审法人之间、法人与其他组织之间，以及其他组织之间的各类合同纠纷案件、侵权纠纷案件和涉及公司、证券、期货、票据、金融、保险等方面商事纠纷案件；依法审理应由吉林省长春铁路运输中级法院审理的第二审法人之间、法人与其他组织之间，以及其他组织之间的各类合同纠纷案件、侵权纠纷案件和涉及公司、证券、期货、票据、金融、保险等方面商事纠纷案件。依法审理一、二审知识产权、企业破产等方面商事纠纷案件。依法审理一、二审知识产权、企业破产和涉外、涉港、澳、台等纠纷案件；审理新型案件；监督、指导基层铁路法院上述民事案件的审判工作。
（六）审判监督庭
依法审理不服吉林省长春铁路运输中级法院和基层铁路法院民事生效裁判的申诉和申请再审案件；监督指导基层铁路法院审判监督工作；依法审理上级铁路法院指定再审的刑事、民事和行政案件；审理同级人民检察院抗诉的再审案件；审理不服中级铁路法院和基层铁路法院刑事生效裁判的申诉和申请再审案件及减刑假释案件；负责对基层铁路法院上述案件的监督指导工作。
（七）执行局
依法执行由吉林省长春铁路运输中级法院一审的生效判决、裁定及调解协议中关于财产的决定；执行法律规定由吉林省长春铁路运输中级法院执行的其他法律文件；统一领导全省铁路法院的执行工作并检查、监督完成情况；统一办理全省铁路法院案件的委托执行和提级执行，接受外地法院案件的受委托执行；协调本地区内和本地区与外地法院之间的执行案件争议；协助管理基层铁路法院执行机构副职领导干部；处理执行工作请示等事宜。负责执行异议案件的审查工作；监督指导基层铁路法院执行复议工作。
（八）法警队
负责司法警察警务工作；警卫法庭、押解人犯、协助送达有关法律文书；执行死刑；配合有关案件执行工作；负责吉林省长春铁路运输中级法院机关的安全保卫工作；指导基层铁路法院司法警察队伍的业务培训；领导、协调基层铁路法院的司法警察工作。
（九）监察室
主管全省铁路法院的监察工作；监督检查全省铁路法院及其工作人员执行国家法律、法规、政策及工作纪律情况；受理全省铁路法院工作人员违纪行为的检举、控告；受理全省铁路法院工作人员不服政纪处分的申诉；调查处理全省铁路法院及其工作人员的违纪事项；对吉林省长春铁路运输中级法院机关财务管理等方面进行监督检查；领导、监督基层铁路法院的监察工作。负责全省铁路法院违法审判责任追究工作；调查处理吉林省长春铁路运输中级法院审判人员违法审判案件；对审判工作中的执法情况进行监督检查；负责领导机关交办案件的督办工作。
（十）审判管理室
负责制定和完善本院审判管理规章制度；负责案件流程管理的指导、监督和检查；向院长、审判委员会报告审判管理工作；监督各审执部门落实审判管理责任，落实责任追究制度，提高案件质量、效率和效果；负责审判委员会日常工作；负责法官评议委员会日常工作；负责全省法院质效评估工作；负责全省法院司法统计工作；负责吉林省长春铁路运输中级法院互联网诉讼服务平台的更新与维护管理；处理院长和审判委员会交办的其它工作。负责吉林省长春铁路运输中级法院机关计算机网络的开发、联网及管理工作；负责吉林省长春铁路运输中级法院机关通讯管理及设备维修、保养工作；负责全省两级法院通讯网络规划、建设及维护工作，负责与上级法院计算机联网及通讯保障工作；负责全省两级法院计算机局域网及专线通讯管理工作；负责全省两级法院计算机网络开发及管理人员的业务培训和全省两级法院通讯人员的业务培训。